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1949年春，國民黨政權已陷入崩潰前的一片混亂，孫科于3月辭去行政院院長(cháng)職務(wù)后，由廣州移居香港。在此期間，他對國民黨前途已不抱希望，同時(shí)臺灣方面既不歡迎他，也不給他發(fā)放申請赴美的護照，無(wú)奈之中他只得流亡香港和海外。孫科在歐洲、美國前后旅居16年，息影山林，潛心讀書(shū)，于1965年被邀前往臺灣定居，次年出任考試院院長(cháng)，在其晚年的最后八年，又開(kāi)始了頗為忙碌的社會(huì )活動(dòng)，直至1973年9月去世。
垂暮之年蟄居海外
1949年7月，孫科去廣州參加國民黨非常會(huì )議返回香港后，意氣消沉，認為“大局已無(wú)法挽回”。12月10日，蔣介石由成都飛往臺北，沒(méi)有通知孫科赴臺。1950年夏，蔣介石在臺灣發(fā)起國民黨改造運動(dòng)，也未通知孫科參加，僅由洪蘭友向其通報情況。孫科向洪蘭友表示，國民黨應當改造，但在改造之前應召集全體中央執行委員開(kāi)會(huì )議決才算合法。不久，臺灣的報紙便出現了攻擊孫科的報道，并風(fēng)傳孫科將來(lái)臺灣任“副總統”，于是有關(guān)方面對孫科來(lái)臺便竭力防范。孫科意欲申請赴美，但臺灣當局不給他發(fā)放護照，無(wú)奈中只得暫住香港。
中共方面曾通過(guò)相關(guān)人士與孫科聯(lián)絡(luò )，但孫科對中共及其領(lǐng)導的革命懷有很深的成見(jiàn)和對抗情緒，且對國民黨政權的崩潰感到無(wú)限痛惜，為此，他斷然拒絕了中共歡迎他前往北京的邀請。
孫科在香港居留期間，因國民黨政權在大陸失敗的刺激和國民黨前途的黯淡，他對時(shí)局深感“悲觀(guān)”，“情緒非常不好”，以致身心交瘁，對政治及一切事務(wù)均表倦怠。在他的宅邸，每天都有流寓在港的國民黨軍政人員叩門(mén)拜訪(fǎng)，向孫科告貸。孫科每以10元港幣打發(fā)這些昔日的軍政人員，后因人數日益增多，乃改為5元，但前來(lái)借錢(qián)的人仍持續不斷，遂決定盡速離開(kāi)香港。孫科剛到香港時(shí)，即向港英當局申請出國護照，但在1949—1950年間，孫科卻為一私人之事所困擾。廣東籍某女子聲稱(chēng)與孫有染，向臺灣和香港兩地法院同時(shí)控告遭孫科遺棄，要求孫支付一筆數目不菲的款項。此女子得到孫科政敵的支持，其目的是阻止孫科前往臺灣。雙方通過(guò)法律程序進(jìn)行了訴訟，一時(shí)鬧得沸沸揚揚。港英政府以訴訟未決不得離港為由，拒絕簽發(fā)孫科的出國護照。直到1950年春，香港法院判決孫科勝訴，他才得以出國。
1950年秋，孫科攜夫人經(jīng)印度、希臘赴法國，抵達巴黎后，暫住老友、前駐蘇大使傅秉常在巴黎郊外的別墅，開(kāi)始了他晚年流亡海外的歲月，是年孫科60歲。
孫科雖流亡海外，但起初生活卻頗為優(yōu)渥。1950年他寓居巴黎后，養病之余，經(jīng)常游歷歐洲各國，先后去過(guò)西班牙、意大利等國，下榻之處則非高級賓館不住。綺麗的異國風(fēng)光，豐盛的餐飲，似乎已漸漸洗去孫科多年從政的疲憊。
孫科在巴黎寓居兩年后，決定轉往美國。1952年7月，孫科夫人先行離開(kāi)歐洲前往美國，12月下旬孫科才啟程。孫科夫婦住其長(cháng)女孫穗英家，次年遷居加州洛杉磯西部圣塔莫利卡，在此地居住四年，后遷至洛杉磯南面臨海的lagunaBeach。
孫科在流寓美國期間，臺灣的蔣介石對其不聞不問(wèn)，偶爾有少許大陸時(shí)代的故舊前去探訪(fǎng)。1961年，陳誠以“副總統”身份訪(fǎng)美，也只給孫科打去一個(gè)電話(huà)而已，并沒(méi)有專(zhuān)程前往探訪(fǎng)，國民黨駐美外交機構與孫科也無(wú)任何往來(lái)。
大陸中共方面仍惦記著(zhù)孫科，1956年3月，周恩來(lái)總理在北京會(huì )見(jiàn)英國客人馬坤，請與孫科有數十年私交之誼的馬坤代向孫科致意。周總理說(shuō)，我們不能讓孫中山先生的兒子長(cháng)期流亡國外，中國政府仍然歡迎孫科先生返國。
然而，此時(shí)的孫科似乎已倦于政治，他對周恩來(lái)的口信沒(méi)有作出回應。孫科深居息影，儼然“閑云野鶴”，在南加州鄉間閉門(mén)讀書(shū)，只是生活頗為清苦。已無(wú)任何固定收入的孫科夫婦與次子治強一家共同生活，依靠子女的小額接濟，省吃?xún)�用，一切自己動(dòng)手。其夫人陳淑英負責烹炊，孫科則收拾洗涮碗碟，灑掃庭除。甚至有一段時(shí)間，孫科夫婦因經(jīng)濟窘迫只能吃番薯充饑。然而，他每天仍到附近的圖書(shū)館看書(shū)，家中也堆滿(mǎn)了書(shū)籍，完全過(guò)著(zhù)一種普通老人的困窘生活。
靜極思動(dòng)赴臺定居
1965年，孫科已經(jīng)75歲高齡，在他流亡海外16年間，在臺的蔣介石政權并沒(méi)有對他表示出任何關(guān)心和重視，孫科也從未返回過(guò)臺灣。1949年蔣介石敗逃臺灣后，大陸時(shí)代眾多的國民黨元老全被其“懸置”起來(lái)，而在歷史上多次與蔣反目的孫科更不能在臺灣立足。此時(shí)的孫科已步入垂暮之年，蟄居海外，雖然清閑，但靜極思動(dòng)，加之在美生活頗為清苦，諸般雜事皆須自己動(dòng)手，生活上有諸多不便，漸生歸臺之意。而臺灣方面，自60年代初始，孫科的某些故舊也為孫科赴臺多方積極活動(dòng)。1962年“雙十”節前夕，中山縣籍“立委”劉崇齡向“行政院”提出質(zhì)詢(xún)，他說(shuō)：“哲生先生功在國家，過(guò)去擔任過(guò)國民政府的副主席和行政院院長(cháng)、立法院院長(cháng)。最近孫先生于言詞之間也懷念臺灣的老朋友，同時(shí)表露出有思鄉之感�！眲⒊琮g要求當局主動(dòng)邀請孫科返臺。對劉崇齡的質(zhì)詢(xún)，行政院副院長(cháng)王云五回答說(shuō)：“政府非常歡迎哲生先生回國，而且在籌備中的第三次陽(yáng)明山會(huì )談，哲生先生也列入盡先邀請的名單�！辈痪�，孫科的故舊、國民黨元老梁寒超等粵籍要人積極活動(dòng)，為孫科赴臺進(jìn)行各項具體安排。
1964年由臺灣出資，在美組織了“中華文化教育基金會(huì )”，并推舉孫科任董事長(cháng)，孫科前往華盛頓參加年會(huì )，來(lái)往機票及餐宿費用均由該會(huì )負責。從此之后，孫科與臺灣官方機構重新建起了聯(lián)系，孫科有意返臺，蔣介石也有心歡迎。于是，1965年10月29日，孫科搭機從美返臺，在臺北松山機場(chǎng)受到蔣經(jīng)國及2000余人的熱誠歡迎，場(chǎng)面之盛大令孫科潸然淚下。從此，孫科結束了海外流亡生涯，投奔蔣介石統治下的臺灣。
孫科抵達臺灣次日，在蔣經(jīng)國的陪同下，專(zhuān)程從臺北乘專(zhuān)機前往高雄蔣介石官邸拜謁。自1949年廣州分手，16年后他們在臺灣相逢，過(guò)往舊事已如昨日煙云，彼此相見(jiàn)甚歡。蔣介石設午宴招待孫科，飯后并邀同車(chē)到外面游覽風(fēng)景。蔣并親送孫科回左營(yíng)軍校寓所。蔣介石還將自己曾住過(guò)的陽(yáng)明山第一賓館交給孫科及其家屬居住，該住所系日式平房，花木扶疏，清靜幽雅，孫科在臺一直居住于此。
孫科承蒙蔣介石以禮相邀，便積極投桃報李。一周后，臺北舉行“華僑救國總會(huì )第三次代表大會(huì )”，在開(kāi)幕典禮上，孫科發(fā)表了返臺后第一次公開(kāi)演講，明確表示全力擁護蔣介石。半個(gè)月后，在紀念孫中山先生百年誕辰大會(huì )上，孫科再度吹捧蔣介石，抨擊中國共產(chǎn)黨。
返臺后的孫科在許多重大場(chǎng)合表明了支持蔣介石的政治立場(chǎng)，這些均被蔣介石一一看在眼里。1965年12月20日，蔣介石正式聘孫科為“總統府資政”，1966年9月1日，蔣介石又正式提名孫科為“考試院”院長(cháng)，從此孫科又名列臺灣黨國要人之列。雖然“考試院”院長(cháng)只是一個(gè)閑職，然對于年已76歲的孫科而言，已心滿(mǎn)意足了。
